小辺路は文化財保護法にもとづく史跡「熊野参詣道」（2000年〈平成12年〉11月2日指定）[167]の一部として、2002年（平成14年）12月19日に追加指定を受けている[168]。小辺路を含む熊野参詣道はそれまで文化財保護法による指定を受けておらず、世界遺産への推薦に先行して保存管理の計画を示す必要から登録されたものである[169]。史跡指定により、小辺路の現状を変更する、または保存に影響を及ぼす行為には文化庁長官の許可が必要となった。世界遺産への推薦・登録に際して設けられた緩衝地帯は文化財保護法の対象ではないが、その他の法令や県および市町村の条例による保護の下に置かれている[170]。
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また和歌山・奈良・三重の3県の教育委員会が市町村教育委員会および文化庁と調整のうえで定めた包括的な保存管理計画にもとづき、個別遺産の管理にあたる県ないし市町村教育委員会が個別の保存管理の策定・実施にあたる体制がとられており[171]、保存管理にあたって必要な資金や技術についても政府や県による支援が行われている