いわゆる病理解剖。病院で死亡した患者について、その死亡原因が不明である場合や施した治療の効果を判定する必要がある場合などに、病院の病理学の知識を持った専門医師（病理医）によって行われる。遺族の同意に基づいて行われる。主に大学病院や先端医療を行う研究機関としての役割も併せ持った総合病院で行われる場合が多い。
司法解剖、行政解剖がこれに当たる。前者は大学の医学部または医科大学の法医学教室が担当し、犯罪に関与すると思われる死体を対象とする。後者は監察医または監察医制度の置かれていない地方では大学の法医学教室が担当し、病院で亡くならずに、また犯罪にも関与しない死体を対象とする。例外的に、東京の監察医務院では司法解剖に分けられる異状死体についても検案の対象としている。
解剖の歴史は古く、紀元前3500年頃に古代エジプトで記述され、紀元前1700年頃に写筆されたエドウィン・スミス・パピルスには頭蓋縫合や脳表面の状態といったことが事細かに記述されており、この時代にはすでに人体解剖が行われていたと推測されている。
古代ギリシャの哲人であるヒポクラテスが、ヤギの頭を切り開いて脳を調べた他、様々な解剖学についての記述が、ヒポクラテスの弟子が編纂した「ヒポクラテス著作集」に記述されている。
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またその100年ほど後、アレキサンドリアの医師であったヘロフィロスが人体解剖を行ったと言われている。 しかしながら死者崇拝や、来世のために遺体をそのままの状態で保存するという考えに押されてアレキサンドリアの人体解剖は禁止され、千年以上の間、新たな知識が生まれることはなかった。
再び解剖学が活発な動きを見せたのはルネサンス期である。1500年代に入るとボローニャ大学で体系立てた解剖学の研究が始められ、1543年、アンドレアス・ヴェサリウスは実際に解剖して見たものを詳細に著した“De humani corporis fabrica”（人体の構造）を出版し、近代解剖学の基礎を築いた。